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微生物鑒定儀，是指對微生物培養后的生化條自動判讀，然后通過儀器內部軟件結合已有數據庫自動查閱，給出一個菌株種屬最接近結果的儀器。組成包括生化反應板、儀器、鑒定數據庫和判讀軟件，核心在于軟件部分，通過數以萬次的實驗數據積累和統計學分析整理，配以現代人工智能和電子工程學技術才可以實現鑒定儀的功能。
一般用于病原菌或純培養菌株的鑒定，在生化反應板上培養24h或48h后，根據對已知底物的代謝活性，結合數據庫判讀出最接近的微生物物種。只能輔助完成部分工作，結合其他分子生物學手段，如特定的分子標記，可進行物種鑒定。